Secretaria da Saúde administra no município de Embu das Artes, 01 Pronto Socorro, 10 Unidades Básica de Saúde, 01 Centro de Atenção à Saúde do Trabalhador e 01 Centro de Atenção Psico Social.

Em 03.02.2004 o CEJAM e a Prefeitura Municipal de Embu das Artes, através da Secretaria de Saúde, firmaram um convênio de parceria para a implantação e implementação do Programa Saúde da Família que tem o objetivo a implantação 31 equipes PSF e 1 equipe PACS, sendo um total de 350 profissionais de Saúde.